"This story starts in another world. One that is both like, and unlike, your own. Here, every human soul takes the physical form of an animal, known as a daemon. The relationship between human and daemon is sacred. This world has been controlled for centuries by the all-powerful Magisterium. Except in the Northern wilderness, where witches secretly whisper of a prophecy. A prophecy about a child with a great destiny. During the great flood, this child was brought to Oxford."
Oxford est sous les eaux. La Grande inondation est en cours et tout le monde a fui la ville ou est barricadé chez soi dans l’attente d’une amélioration. Tous ? Non… Un homme accompagné d’une panthère blanche et portant un bébé dans les bras brave les torrents et se fraye un chemin jusqu’à la porte du Jordan College. Après avoir violemment toqué à la porte, afin d’être sûr d’être entendu, le Maître des lieux vient lui ouvrir. Lord Asriel, puisque tel est le nom du visiteur, lui remet l’enfant dans les bras en invoquant le droit d’asile scholastique pour le protéger. L’enfant, Lyra Belacqua, et son daemon, Pantalaimon, sont en danger et il tient à s’assurer qu’ils restent sains et saufs. Asriel est convaincu qu’elle ne sera en sécurité nulle part ailleurs. Il quitte ensuite les lieux.
Au cours des douze années suivantes, Lyra grandit au sein du College dont elle est un membre à part. Disposant d’un dortoir, d’un accès à la quasi-totalité des lieux et d’un statut spécifique (ni Erudite ni membre du personnel), Lyra vit une vie paisible partagée entre ses études (auxquelles elle ne s’astreint pas assidûment d’ailleurs !) et ses passe-temps que ce soit à l’intérieur des murs du College ou à l’extérieur (jeux avec les enfants des rues ou les enfants des Gitans). Avec son meilleur ami, Roger Parslow, elle visite notamment la crypte des Erudits du College où elle s’amuse à échanger les pièces représentant leurs daemons pour perturber l’esprit des morts. Ces derniers viennent ensuite s’immiscer dans les rêves de la fillette qui, terrifiée, retourne relier chaque Erudit à son daemon en marmonnant des excuses.
En parallèle, nous retrouvons Lord Asriel et son fidèle majordome Thorold en plein travail dans le grand Nord. L’aristocrate semble tout excité après avoir découvert une preuve qui permettrait d’attester du bien-fondé de ses théories. Il décide alors de retourner à Oxford pour lever des fonds et financer l’expédition de sa vie.
Un beau jour, alors que le bibliothécaire de l’institution lui dispense un de ses cours, elle voit le giroptère de son oncle atterrir dans la cour du College. Intriguée par la présence d’Asriel dans les lieux, elle fausse compagnie à son enseignant et part à sa recherche dans l’espoir de la convaincre de l’emmener dans le Nord. Pantalaimon et elle s’infiltrent alors, sans autorisation, dans le Salon des Erudits. Lyra ne le sait pas encore mais sa vie vient juste de basculer ! En entendant du bruit, ils se cachent derrière un rideau d’où ils assistent à une scène très étrange : le Maître verse du poison dans le tokay amené par l’Appariteur et destiné à Asriel… L’homme quitte ensuite la pièce. Quelques instants plus tard, l’oncle de Lyra fait son entrée et s’apprête à se servir un verre du vin empoisonné lorsque la fillette jaillit de sa cachette et se jette sur lui pour l’empêcher de boire. Le verre tombe alors de la main du Lord et se brise en mille morceaux au sol. Asriel saisit la gamine, lui tord le bras et insiste pour connaître la raison de sa présence en ces lieux et celle qui l’a poussée à gâcher une si bonne boisson. Elle lui raconte alors ce qu’elle a vu et est libérée. Asriel, qui semble craindre pour sa vie, renverse la carafe de Tokay et ordonne à sa nièce de se cacher dans un coffre d’où elle pourra assister à son exposé et surveiller les moindres faits et gestes du Maître. Il insiste également sur l’importance pour Lyra de surveiller très attentivement les réactions du vieil homme lorsqu’il entendra le mot « Poussière » être prononcé. Les éminences du College arrivent alors, accompagnés du Maître qui se rend compte que sa tentative d’assassinat s’est conclue par un échec. Asriel ne lui laisse pas le temps de se ressaisir et fait un exposé de ses récentes découvertes. Il leur montre des photos de la Poussière et insiste sur le fait que cette dernière soit particulièrement attirée par l’adulte présent sur l’image mais pas par l’enfant ; leur passe ensuite un photogramme sur lequel figure une citée située dans un autre monde et qu’il est possible d’apercevoir dans le ciel et, enfin, leur montre la tête scalpée et congelée de l’explorateur disparu Stanislaus Grumman. L’assemblée est sous le choc et Asriel en profite pour leur demander de financer sa prochaine expédition qui a pour but de briser la frontière entre les mondes pour pousser plus avant ses recherches sur la Poussière. Un peu plus tard, après que la réunion ait pris fin, Asriel reconduit une Lyra endormie à sa chambre.
Le Maître et Charles se retrouvent autour du feu et d’un verre pour discuter des éléments de cette soirée très mouvementée. Les deux hommes se montrent soulagés qu’Asriel n’ait finalement pas bu le tokay même s’ils le regrettent car ils craignent que ses idées ne changent la face du monde et le mettent en péril. Et cette assertion est également valable pour Lyra. Le Maître avoue effectivement à son condisciple que la fillette se trouve mêlée, d’une manière ou d’une autre, à toute cette affaire et que l’aléthiomètre (objet révélant la vérité à l’aide de symboles) a prédit qu’elle embarquerait pour un long voyage au cours duquel elle commettra la plus grande des trahisons. Charles et son ami semblent bouleversés.
Le même soir, dans les rues d’Oxford, les Gitans sont réunis pour célébrer le passage à l’âge adulte de Tony Costa et le choix de la forme définitive de son daemon. Sa mère, Ma, a ainsi organisé la traditionnelle cérémonie qui permet à chaque jeune adulte de se trouver un guide pour l’épauler dans les premières étapes de sa nouvelle vie. C’est Benjamin de Ruyter qui se propose pour accompagner le nouvel homme. Un autre enfant, Billy Costa, ne semble pas partager l’allégresse générale. Il est un peu jaloux de l’attention accordée à son frère et quitte les lieux pour aller bouder ailleurs. Tony, à la demande de sa mère, part le rejoindre pour discuter avec lui mais Billy est introuvable. Il s’est évaporé après avoir fait la rencontre d’un homme avec un renard pour daemon…
Le lendemain, Roger rapporte à Lyra la disparition de Billy en la mettant sur le compte des Enfourneurs, ces kidnappeurs d’enfants abandonnés ou gitans, qui sévissent dans tout le pays sans que personne ne soit capable de les identifier et de les arrêter. Lyra réplique alors que les Enfourneurs n’existent pas et qu’ils ne sont qu’un mythe destiné à effrayer les enfants qui refusent de dormir ou d’obéir à leurs parents. Roger, un peu vexé, change alors de sujet et apprend à son ami qu’Asriel quitte les lieux. Lyra se précipite au-devant de son oncle et insiste pour qu’il l’emmène avec elle mais l’homme refuse arguant que ce voyage est trop dangereux et inadapté pour une enfant. Lyra s’en va alors en pleurant et Roger agresse Asriel en lui assurant qu’il a tort de se montrer si distant avec sa nièce car Lyra est spéciale. L’aristocrate lui répond alors que tout le monde est spécial et quitte les lieux.
Plus tard dans la journée, Lyra est avertie par Madame Lonsdale (la gouvernante) qu’elle est attendue pour dîner avec le Maître et ses invités le soir-même. La fillette, aussi intriguée que furieuse de devoir souper en compagnie d’Erudits ennuyeux, se prépare néanmoins pour cette soirée. A table, elle est présentée à Marisa Coulter, une Erudite d’un College féminin, et se lie d’amitié avec elle. La femme semble s’intéresser à elle de très près, ce qui déplaît au maître des lieux. A la fin du repas, Marisa propose à Lyra de se joindre à elle en tant qu’assistante et de gagner Londres pour l’aider à préparer sa prochaine expédition dans le Nord. Excitée et enthousiasmée par cette proposition, Lyra l’accepte et Marisa part en parler au Maître. Dans le même temps, Roger est à son tour enlevé par l’homme au daemon-renard.
Ailleurs, les Gitans se sont mobilisés pour retrouver Billy et l’un d’eux, Coram Van Texel aka Farder Corman, décide qu’il est temps d’en avertir leur chef : John Faa. Il est convaincu que les Enfourneurs sont responsables de la disparition de Billy mais aussi des autres enfants gitans et qu’il est temps d’agir vu que la police ne prend pas les enlèvements d’enfants gitans au sérieux. Tony réconforte sa mère qui se fait du souci pour son fils cadet.
Au Magisterium, l’instance qui régit la vie religieuse et politique du pays, le père Hugh McPhail et Lord Carlo Boreal discutent de ce qu’ils ont appris de la réunion qui s’est tenue au Conseil et des sujets hérétiques qui ont été abordés. Ils discutent aussi d’Asriel et ses projets dont ils craignent les conséquences. Lord Boreal promet de tout faire pour découvrir ce que l’aristocrate mijote réellement.
Lyra a eu une nuit très courte et est réveillée en sursaut, à l’aube, par Charles qui la conduit chez le Maître qui souhaite la voir urgemment. Ce dernier lui apprend que Marisa Coulter est venue le trouver pour lui demander la permission de l’emmener avec elle et qu’il la lui a accordée bien qu’il ne semble pas ravi d’avoir dû accepter. Il donne alors à Lyra son aléthiomètre en lui faisant promettre de ne pas le montrer à Madame Coulter puis la fillette quitte son bureau. De retour dans sa chambre, elle prend conscience du fait qu’elle n’a pas vu Roger depuis la veille et elle fouille le College pour le trouver mais ses recherches s’avèrent vaines. L’heure de partir est arrivée et Lyra, dépitée, hésite à s’en aller sans son ami. Elle parle de sa disparition à Madame Coulter qui lui promet qu’une fois à Londres elle fera tout ce qui est en son pouvoir pour retrouver l’enfant. Elles s’envolent ensuite pour la capitale et, depuis sa place à bord du giroptère, Lyra voit les Gitans quitter la ville à bord de leurs bateaux. Ceux-ci, après avoir tenu un rapide Conseil, décident de gagner les Fens (leur territoire) pour réunir toutes les tribus et partir à la recherche de leurs enfants kidnappés.
